היחידה לשוויון בין המינים בחינוך עוסקת בפיתוח תכנים של שוויון מגדרי לכלל מערכת החינוך: החינוך הקדם יסודי, היסודי והעל יסודי, וכן בהטמעת חשיבה מגדרית בתכניות המשרד: תכניות לימוד, תכניות חינוכיות ותכניות ייעוציות. היחידה מקיימת גם: כנסים, ימי עיון, השתלמויות, תכניות התערבות ארוכות טווח ועוד.